現在開催中の「Be Happiness!!!! - HAPPY BMS EVENT -」に含まれる『Pompadour』という曲で、曲の最後まで到達してもプログレスバーが10数%辺りにあり、クリア画面に遷移しません(LR2では正常動作を確認済み)。

Normalの場合1579行以降、Hyperの場合1342行以降(どちらも「#12502:0.75」の行以降)を削除すれば正常にクリア画面に遷移します。
これらの修正を行ってもLR2でのプレイに影響がない事は確認済みです。

#xxxxx:0.75

という記述が延々と続いていますが、ノートが空でも小節に対し何らかの指定があればその小節は実在するものとして処理しているのでしょうか(BMSフォーマットについては全く判りません。見当違いの事を言っていたら申し訳ありません)。

曲が終わらない件ですが、これはおっしゃる通りBMS内に存在するデータのうち、
小節番号が一番大きい値を終端としているためです。


LR2はどのように終了を判断しているのかは分かりませんが、
例えばもし最後のオブジェの位置を終端とするような仕様だった場合、
まだBGMが終わっていないのにゲームが終わってしまう可能性があります。
※作者が意図して最後の余韻部分を作っていたとしても、それを聞けずに終わってしまう

また今度はBGM(WAV)の再生が終わるまでゲームが終わらないような仕様だった場合、
最後のオブジェ終了後もそのBGMが終わるまで延々と待たされることになります。
※例えばある曲の1番だけの譜面を作ったとして、この時BGMを1番だけ切り出すといったことはせず、
　フルコーラスのまま使用したとすると、その曲が終わるまでゲームが終わらない
　（もしあとで2番、3番も作る予定だとしたらそもそも曲はフルコーラスのまま使う）


これらの問題を考慮し、charatbeatHDXではBMSに空の小節を定義することで、
曲の終了位置を調整出来るような仕様としています。

ちなみにこのあたりはBMSの仕様としては定義されていないと思うので、
ソフトごとに仕様はまちまちだと思います。